Peptidomimetische Bausteine für synthetische RNA Liganden, Fachbücher von Sven Breitung

Ein bekanntes Beispiel für regulatorische RNA-Protein-Wechselwirkungen stellt der Komplex der TAR-RNA von HIV-1 und dem viralen Protein Tat dar. Dieser Komplex ist wichtig für die effiziente Transkription des viralen Genoms. Das Wissen über die Prinzipien der Erkennung von Tat zu TAR-RNA sollte es ermöglichen, spezifische Liganden zu designen, die als antivirale Tat-Antagonisten agieren können. Das Ziel dieser Arbeit war die Synthese von RNA-Liganden für die Festphasenpeptidsynthese (FPPS) basierend auf heteroaromatischen Bausteinen. Die Bindungsaffinitäten der aus der FPPS dargestellten Peptide und kleinen Moleküle zur TAR-RNA von HIV-1 wurden über einen fluoreszenzbasierten Assay und Fluoreszenzkorrelationsspektroskopie (FCS) bestimmt. Durch NMR-Untersuchungen und molekulardynamische Berechnungen war es möglich, eine Konformationsänderung der TAR-RNA festzustellen. Antivirale Eigenschaften der Peptide und kleinen Moleküle wurden durch einen HeLa P4 Zellassay bestimmt. Ein weiteres Ziel der Arbeit war die Untersuchung des Bindungskonzepts und der antiviralen Eigenschaften von Diaminopyrazolen und Indazolen.